MetaGraph: инновационный метод для поиска необработанных данных ДНК и РНК

Секвенирование ДНК произвело революцию в биомедицине, особенно с появлением новых методов, таких как секвенирование нового поколения. Эти методы позволили быстро расшифровать геном SARS-CoV-2 в 2020-2021 годах. Однако огромные массивы данных, хранящиеся в базах данных вроде SRA и ENA (около 100 петабайт), требуют мощных вычислительных ресурсов для эффективного поиска.

Ученые из Швейцарской высшей технической школы Цюриха разработали метод MetaGraph, позволяющий искать необработанные данные ДНК и РНК в базах данных как в интернете. Этот инструмент значительно сокращает время и упрощает поиск, позволяя за несколько секунд или минут находить нужные последовательности.

MetaGraph является экономически выгодным решением, так как все общедоступные биологические последовательности можно разместить на нескольких жестких дисках, а стоимость более крупных запросов составляет около 0,74 доллара за мегабазу.